La División de Investigaciones realiza el proceso de orientación, investigación, seguimiento y cumplimiento necesario para atender adecuadamente los casos que se presentan. En los procedimientos que conllevan investigación se prepara un informe final con recomendaciones sobre si el caso amerita ser sometido al proceso formal adjudicativo o por el contrario se recomienda la desestimación del caso. Entre las funciones de la División de Investigaciones se encuentran las siguientes:

1. Brindar orientación, dentro y fuera de la agencia, sobre los derechos y procedimientos bajo la Ley de Relaciones del Trabajo y la Carta de Derechos de los Empleados Miembros de una Organización Laboral.

2. Tomar solicitudes o cargos y llevar a cabo la correspondiente investigación en casos de:

·                 Cargos por práctica ilícita contra una unión o un patrono.

·    Solicitudes de representación para que la Junta determine la existencia de una unidad apropiada para negociación, para escoger una unión que les represente o para escoger una nueva unión donde ya existe una unidad apropiada existente.

·         Solicitudes de clarificación de unidad apropiada para determinar si ciertos empleados deben formar parte de la misma.

·         Solicitudes de intervención de la Junta para lograr que un laudo de arbitraje obrero-patronal sea cumplido.​

3. Verificar el cumplimiento Decisiones y Órdenes emitidas por Junta.

PROCESO DE ELECCIONES SINDICALES BAJO LA LEY 130, CONOCIDA COMO LA LA LEY DE RELACIONES DEL TRABAJO DE PUERTO RICO​​​

La Secretaría es la división encargada de auxiliar y coordinar el manejo de la información y documentos sometidos y generados en los procedimientos ante la Junta.  Asimismo, es la división encargada de recopilar, mantener al día las estadísticas correspondientes al procesamiento de los casos y de certificar la oficialidad de los documentos emitidos por la Junta y el Presidente.

Los cargos, peticiones y solicitudes que someten las partes promoventes en los procedimientos bajo la ley, se someten en Secretaría y se refieren a la División de Investigaciones para el procedimiento investigativo correspondiente.

La Secretaría es responsable de certificar y notificar todos los documentos oficiales que emite la Junta y el Presidente en el trámite formal de los casos, de coordinar la presentación de documentos, mociones y recursos ante los tribunales y agencias administrativas en casos en que comparece la Junta. Como depositario de la documentación oficial de la Junta coordina el manejo y archivo de los expedientes, prepara y custodia las actas de las reuniones que conduce la Junta en pleno, prepara y notifica los avisos de audiencia.  Además, coordina el procesamiento, franqueo, recibo, envío y distribución de la correspondencia externa e interna de la Junta.

​Es la unidad donde se lleva a cabo las funciones cuasi-judiciales de celebración de audiencias incluyendo las siguientes funciones:

1. Celebra audiencias públicas para ventilar casos en los cuales se alegue la comisión de prácticas ilícitas.
2. Celebra audiencias públicas ordenadas para investigar y resolver controversias relativas a la representación de empleados y a la clarificación de unidades apropiadas.
3. Prepara y mantiene un expediente que refleja en la forma más fiel posible las cuestiones levantadas en la audiencia.
4. Puede citar testigos con el propósito de interrogar y contra-interrogar los mismos; puede además, presentar en el récord evidencia documental y de cualquier otra índole.
5. Realiza investigaciones legales en torno a las distintas doctrinas prevalecientes en este campo.
6. Decide las cuestiones de derecho y los incidentes procesales en las vistas.
7. Redacta los informes de oficiales examinadores exponiendo a la Junta determinaciones de hechos, conclusiones y recomendaciones sobre la acción que debe tomar la Junta para descargar las funciones impuestas por la Ley de Relaciones del Trabajo y la Carta de Derechos de los Empleados Miembros de una Organización Laboral.​​

​​La Oficina de Servicios  Administrativos es la unidad encargada de conducir y llevar a cabo las tareas necesarias para realizar los asuntos administrativos y de personal en cumplimiento de las directrices del Presidente.

Este componente organizacional de la Agencia facilita las operaciones diarias en todos los aspectos administrativos. Entre otras cosas, esta Oficina se responsabiliza de llevar la contabilidad, efectuar todos los pagos que tenga que realizar la Agencia, preparar el presupuesto, los estados financieros y otros documentos de contabilidad necesarios; controlar el inventario de materiales y equipo, así como el almacén y todo lo relacionado a planta física y servicios de reparación y mantenimiento. Además, supervisa y administra los sistemas de información de la agencia.

La Oficina de Servicios Administrativos tiene a su cargo los procedimientos relacionados con transacciones de personal incluyendo: preparar las nóminas y descuentos correspondientes, tramitar el reclutamiento del personal y la coordinación de los adiestramientos y seminarios. De igual manera, auxilia y asesora al Presidente en todas las cuestiones administrativas que se suscitan en las operaciones diarias de esta Agencia gubernamental.​

La División Legal representa, protege y adelanta el Interés Público mediante la representación de los querellantes en el procesamiento legal de los casos sometidos para adjudicación formal. Culminada la fase investigativa y determinada la existencia de razones para creer que probablemente se incurrió en práctica ilícita de trabajo, esta División expide Querella por orden del Presidente dando así comienzo a la etapa formal del procedimiento de adjudicación administrativa.

Entre las funciones de los abogados de la División se encuentran: comparecer a las audiencias públicas en representación de la parte querellante, plantear los argumentos procedentes, someter mociones de rigor, presentar la evidencia documental y testifical relevante y pertinente a la controversia, redactar diversos escritos de naturaleza procesal o sustantiva, entre ellos Memorandos de Derecho, Excepciones al Informe del Oficial Examinador, Informes o Memoriales Explicativos que sean requeridos.

Esta oficina representa a la Junta en los procesos judiciales para la producción de documentos y/o la citación de testigos. Comparece ante los tribunales apelativos en los recursos de revisión judicial de las decisiones, órdenes y resoluciones. Redacta alegatos y demás escritos jurídicos necesarios.  Advenida la finalidad de los procedimientos judiciales, de registrarse algún incumplimiento con las órdenes, los abogados instan los procedimientos de ejecución de las mismas, sometiendo las peticiones para ponerlas en vigor.

Esta División acude también al Tribunal en peticiones para poner en vigor los Laudos de Arbitraje como un servicio auxiliar de la ley habilitadora y en el descargo de una facultad discrecional de la Junta.
Los abogados participan como coordinadores en los casos de practicas ilícitas de trabajo que son objeto de  traslado al Tribunal de Distrito Federal de Puerto  Rico.​

​​La Oficina de Asesoramiento Legal es la unidad encargada de asesorar al Presidente y a la Junta en aspectos de carácter técnico y legal. A solicitud del Presidente, se estudian los informes de investigación y los hallazgos y recomendaciones expuestos en los mismos a fin de asesorarle sobre la desestimación de casos o la expedición dequerellas. En los casos elevados para adjudicación por los Oficiales Examinadores, se presentan recomendaciones sobre los mismos, se redactan proyectos de Memorandos, Resoluciones y Decisiones y Órdenes conforme a las directrices de la Junta y del Presidente. Además, se redactan todos los documentos legales que sean requeridos. Los abogados adscritos a esta oficina representan a la Junta ante los diversos foros judiciales y administrativos cuando es necesario por asignación del Presidente o de la Junta. También, se asesora al Presidente y a la Junta en todo aspecto que sea necesario para ejercer las funciones que el ordenamiento asigna a la agencia.